Děj se odehrává v roce 2005, mezi událostmi z Resident Evil 4 a Resident Evil 5 a soustřeďuje se kotníku BSAA Jill Valentine a představuje její nového partnera Parkera Lucianiho. Ocitnete se na palubě údajně opuštěné výletní lodi ve Středozemním moři, kde jsou Jill a Parker poslání najít Chris Redfield, jehož poslední známá pozice podle GPS byla právě na lodi. Loď však zdaleka není prázdná, nebezpečí číhá na každém kroku a Jill a Parker musí prozkoumat uzavřené prostory lodě a čelit hrozivým nepřátelům, kteří se vynořují z temnot. Přidáním nového unikátního dějiště se dostanete i pod vodu, snažíc se uniknout děsivým tvorům, které se toulají po lodi. Ale ani voda neposkytuje bezpečí, protože nepřátelé pokračují v útocích z hlubin i po pokusu Jill a Parkera dostat se z lodi naživu.